醫療事業廢棄物焚化系統可區分成四個主要次系統

• 廢棄物備料及進料系統
• 燃燒室
• 空氣汙染防治系統
• 殘渣/灰燼處理系統

各系統的設計就視所要焚化的廢棄物物理及化學性質而異

醫療廢棄物以旋轉窯及固定爐床式應用最廣

燃燒室分為第一與第二部分，有害氣體會進入第二燃燒室的高溫環境下被完全燃燒破壞

由於醫療廢棄物常產生NOx、Sox及HCI等酸氣，必須配置空氣汙染防治系統

另外從二次燃燒室出來的煙道氣通常為高溫氣體可用於廢熱回收產生能源